2000年6月,经辽宁省教育厅批准,沈阳农业大学按新机制、新模式建立起全日制本科普通高等学校–沈阳农业大学科学技术学院。沈阳农业大学科学技术学院依托于母校沈阳农业大学办学。

2004年3月，经国家教育部批准确认沈阳农业大学科学技术学院为独立设置的本科院校–独立学院。独立学院是保证我国高等教育持续健康发展的一项重大举措，是中国高等教育发展过程中的重要组成部分。

2013年1月，经国家教育部批准，由沈阳理工大学应用技术学院和沈阳农业大学科学技术学院联合转设成为一所民办普通高等院校–沈阳工学院。

2013年3月，由原沈阳农业大学科学技术学院农业与生物系的农学、园艺、植物保护、园林、生物工程、生物技术、动物医学、动物科学8个专业与食品科学与工程、食品质量与安全专业合并组建成一个以生命为特色的学院–生命工程学院。